[Robas1976]

Dziękuję za odzew.
Fakt 1: Nie umiem odpowiedzieć w jakim momencie układy przestały działać.
Fatt 2: Czasami nie mogę załadować programu i wtedy wyłączam układ, zmieniam port USB żeby załadować program.

Poniżej tekst info z IDE po załadowaniu (poprawnym jak sądzę) programu do Due. Program to zwykłe załączenie i wyłączenie diody. 

Szkic używa 22 132 bajtów (4%) pamięci programu. Maksimum to 524 288 bajtów.
Atmel SMART device 0x285e0a60 found
Erase flash
done in 0.033 seconds

Write 24400 bytes to flash (96 pages)

[                              ] 0% (0/96 pages)
[==                            ] 9% (9/96 pages)
[=====                         ] 18% (18/96 pages)
[========                      ] 28% (27/96 pages)
[===========                   ] 37% (36/96 pages)
[==============                ] 46% (45/96 pages)
[================              ] 56% (54/96 pages)
[===================           ] 65% (63/96 pages)
[======================        ] 75% (72/96 pages)
[=========================     ] 84% (81/96 pages)
[============================  ] 93% (90/96 pages)
[==============================] 100% (96/96 pages)
done in 4.705 seconds

Verify 24400 bytes of flash

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Verify successful
done in 4.683 seconds
Set boot flash true
CPU reset.