[kaczakat]

Niestety za mało używałem tej płytki ZERO by wyciągać jakieś statystyki. Kod uruchamiany po starcie to wg mnie bootloader, różne są w katalogu core, te same zresztą we wszystkich core, ..AppData\Local\Arduino15\packages\MattairTech_Arduino\hardware\samd\1.6.17\bootloaders\zero\binaries\ . Arduino IDE nie jest pozbawione błędów, nie zdziwiłbym się, gdyby opcje rzadko używane zawierały jakieś bugi.
Z bootloaderem wszystko jednak działa OK, mój klon ZERO startuje czy to po daniu zasilania czy po resecie.
Inne Army mają IO by wybrać tryb uruchomienia, przy tym nie widzę nic takiego.
Skoro korzystasz z Arduino to może zostaw bootloader i płyń z prądem w stronę światła.